-
干貨貼:NCBI 上的這些字母都是什么意思?
發(fā)布時(shí)間: 2021-08-23 點(diǎn)擊次數(shù): 24126次NCBI 上基因前面有個(gè) accession(編號)分別有 NC、NM、NP、GI、XP、XM、BC、AB、NG、 AJ、AC、AY 和 AF 等等,然后后面是一串?dāng)?shù)字,都是什么意思??特別是看 Blast 結(jié)果時(shí),這些編號到處都是的,根本不知道哪個(gè)才是想要的好么?。?/p>
莫慌,今天就給大家理理順!
ACCESSION是NCBI序列數(shù)據(jù)中我們常用到編號(另一個(gè)是GI)。ACCESSION形式為CC_#####, 其中 CC 為兩個(gè)字母,其不同組合又可以區(qū)分為蛋白序列、核酸序列或基因組序列,而#為位數(shù)不等的數(shù)字;ACCESSION 后面又會(huì)加版本號,以 CC_####.#形式表示,最后的尾數(shù)遞增表 示序列信息較之前的版本有所修改。這樣 ACCESSION+版本號就是一個(gè)*的表示,代表一個(gè)*的序列,而且這個(gè)編號不會(huì)改變。
以下是幫大家找到的整理表格!具體的各項(xiàng)說明及序列來源說明可以查看 NCBI。
一般來說,mRNA 和基因組序列是我們主要的尋找對象。如果想找標(biāo)準(zhǔn)序列的話,mRNA 就采用 NM_開頭的,基因組用 NC_或者 AC_開頭的。so easy!
不同的編碼代號代表不同的意思,如 NM_開頭的表示標(biāo)準(zhǔn)序列,XM_表示預(yù)測的蛋白編碼序列,NR_表示非編碼蛋白的 mRNA 序列,AF 開頭的表示克隆序列,BC 開頭的表示模板序列......
上面的表格中是一些常見序列的 accession 號,不過大家知道 NCBI 中還有很多其他的 accession 號么?!其中,僅與 RNA 相關(guān)的就有 116 種!不過,科研人員生存不易,不必在細(xì)節(jié)上作死自己,建議大家按需選擇或者需要時(shí)查詢即可!
-
血清系列
-
細(xì)胞轉(zhuǎn)染
-
支原體清除
-
細(xì)胞凍存
-
實(shí)驗(yàn)耗材
-
分子試劑
-
細(xì)胞增殖與凋亡
-
Biozellen系列
-
培養(yǎng)基
-
ELISA試劑盒
-
TOYOBO(東洋紡)
-
ZYMO RESEARCH
-
Greiner(格瑞納)
-
IKA(艾卡)
-
化學(xué)發(fā)光底物(ECL)
-
PROSPEC系列
-
Epigentek系列
-
微生物檢測
-
細(xì)胞生物學(xué)
-
Corning康寧
-
解離試劑
-
細(xì)胞類-實(shí)驗(yàn)耗材
-
原代細(xì)胞
-
植物檢測系列試劑盒
-
SERANA
-
細(xì)胞系
-
生化試劑盒
-
環(huán)境檢測系列試劑盒(AKEN)
-
類器官培養(yǎng)
-
緩沖器和解決方案
-
生物三凝膠基質(zhì)
-
細(xì)胞因子分子
-
生物樣本庫